parser.addIntArgument("hmmtimescales", true); // tau-min
parser.addIntArgument("hmmtimescales", true); // tau-max
parser.addDoubleArgument("hmmtimescales", true); // tau-mult
parser.addIntArgument("hmmtimescales", true); // max-avg-window
// hmm convergence options
parser.addCommand("hmmconv",false);
parser.addDoubleArgument("hmmconv", true, -0.1, Double.NEGATIVE_INFINITY,Double.POSITIVE_INFINITY); // dectol
parser.addIntArgument("hmmconv", true, 1000, 0, Integer.MAX_VALUE); // niter
// option
parser.addCommand("direct", false);
// output