// copy edges
int[][] edges = new int[nodes.size()][];
for (int i = 0; i < nodes.size(); i++) {
TIntArrayList list = nodes.get(i);
edges[i] = list.toArray();
}
init(edges, labelsArray);
this.stemSizes = new int[numOfStems];
for (int i = 0; i < this.stemSizes.length; i++) {